Comité Impulsor (C.I): Está compuesto por Animadoras Regionales, el CON (Comité Operativo Nacional) y representantes de las iglesias fundadoras. Se reúne con una periodicidad de una vez al mes, es el espacio decisorio y donde se reciben los informes de las Animadoras Regionales y del CON. El objetivo es comunicar los avances de GemPaz en las regiones, la gestión del CON, y los informes de las comisiones o personas con designaciones concretas. Allí de manera consensuada se toman las decisiones que conciernen al grupo en general y al manejo de recursos.
En el caso de la participación en el Comité Impulsor (C.I) se solicita anualmente una carta de intención para continuar participando en él o por deseo expreso de no continuidad.
Comité Operativo Nacional (CON): Se reúne cada mes para la toma de decisiones operativas y administrativas del proyecto, rinde informes al Comité Impulsor. El CON también realiza monitoreo financiero y programático a los proyectos y a las personas contratadas, revisando informes cuando estos lo ameritan.
Es importante aclarar que el trabajo realizado por las mujeres que conforman el CON, el CI y las animadoras es voluntario.